张娜拉的幻灯图片

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                标题摘要内容
                 在线工具 
                技术支持?

                环状RNA常用仙君数据库????????????


                充分利用环状RNA相关的在线数据库,可以很好地帮助到平时的实验研究工作。下面我们介绍环状RNA相关的几个重要数据库。


                circBase数据库
                1、选择感兴趣的circRNA

                        这里以“HIPK3”基因为例,打开circBase网站(),在搜索框中输入兴趣基√因“HIPK3”名称,点击“search”按钮。





                2、搜索结果选◣择

                “HIPK3”基因对应的环状RNA有多个,其中hsa_circ_0000284在多种细胞和组织中皆有表达,表达水平很高,可以列为重点研究的候选分子。


                3、获取环状RNA序列



                点击菜单臉色一喜栏的“fasta”,跳转到果然不愧是無生繳序列获取界面,这里可以选择获取“genomic”和“spliced” 基因组和剪接后序列,也可以选择增加上环状RNA分子上游或下游序列,仅环化剪接位点附近序列,进行扩展。一般我们选择“spliced”即可获得环状RNA分子▼的完整成熟序列了。


                >hsa_circ_0000284|NM_005734|HIPK3
                GTATGGCCTCACAAGTCTTGGTCTACCCACCATATGTTTATCAAACTCAGTCAAGTGCCTTTTGTAGTGTGAAGAAACTCAAAGTAGAGCCAAGCAGTTGTGTATTCCAGGAAAGAAACTATCCACGGACCTA..............;

                CircNet数据库
                        CircNet数据库数据来源基于转录测勢力會全部覆滅序结果,并进一步联合microRNA等信息进行了整合分析,功能强大。数据库网嗡址:


                        

                该数据库整合了以下信息:circRNA分子序列;circRNA与miRNA及靶基因的调控网络;circRNA分子的表】达谱;circRNA分子的基因组注释。


                        

                还是以“HIPK3”为例,检索结果不仅显示了与HIPK3环状RNA相关的miRNA分子,也有环状RNA表达谱数据ぷ和基因组定位等信息。

                CircInteractome数据库



                CircInteractome数据库整合的信息有以下几类:
                √ Searches circRNAs name
                √ Searches the genomic position and best-matching transcripts of the circRNA
                √ Retrieves genomic and mature circRNA sequences
                √ Searches RBPs binding to a circRNA and to sequences upstream/downstream of the circRNA
                √ Identifies RBPs binding to the circRNA junctions
                √ Identifies miRNAs targeting a circRNA
                √ Designs divergent primers for circRNAs
                √ Designs siRNAs Specific to circRNA

                1、circRNA分子检索
                点击“circular RNA”输入“hsa_circ_0000284”点击“cricular RNA search”


                2、获取circRNA详细信息:通过第一步输入circRNA ID号后即可进入该环状RNA分子的详细界面,如下图。



                3、circRNA的PCR引物设计:该∩网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计,操作如下:


                        输入circRNA分子ID号,点击divergent primers search,即可获得︻查询circRNA分子的junction sequence,下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design,研究者可自行而后一斧劈出选择。


                        

                点击primer3后得到网站自动设█计好的引物,具体结果见下图。




                3、circRNA的PCR引物设计:该网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计,操作如下:


                        输入circRNA分子ID号,点击divergent primers search,即可获得查询circRNA分子的junction sequence,下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design,研究者可自行选择。


                        点击primer3后得到网站自动设计難怪好的引物,具体结果见下图。


                4、circRNA的siRNA干扰序列设计:该数据库还提供了针●对circRNA的siRNA序列设计,非常实用。下图是针对小心“hsa_circ_0000284”软件设计后给出的siRNA序列




                deepbase数据库
                        中山大学推出¤的deepbase数据库主要强@调ceRNA分子网络互作,其中也整合了circRNA相关信息。网址:



                        有效且灵活地整合在线circRNA相关数据库知识,可以很好地为实验提供思路和指导。